一、预处理的Al3+、Fe3+残留浓度大与污染物去除率不高
1、传统混凝剂残留浓度大、既Al3+、Fe2+残留浓度大，容易是后续的阻垢分散剂中毒，影响阻垢效率及分散效果，并形成沉积，造成膜污染；
2、传统混凝剂对污染物去除效果不高，尤其是污染较严重的或低温低浊度的原水，通过不能满足RO对进水水质的要求。
二、膜污染控制欠佳
虚浮性颗粒、细菌、溶解性物质等，被RO膜截留并逐渐浓缩到一定限度时，会形成无机垢（碳酸钙、硫酸钙、硫酸钡、硫酸锶结晶而形成），和污垢（有胶体硅垢、生物、有机物等聚集而成）沉积于膜表面上，俗称“结垢”。防止结垢的最好方法就是投加阻垢分散剂，通常阻垢剂用来抑制无机盐的结晶，分散剂用来分散污垢或无机盐晶体，防止其沉积。
三、膜清洗效果较差
尽管过方面的工作已经做的很过，包括完善改进RO系统、膜面性质、膜组件、添加阻垢剂、降低回收率、以及加强操作管理与维护，以减轻膜污染，但RO膜的污染是不能避免的，膜清洗时必须的。 实践证明，传统的酸碱清洗剂对于污染严重或没有及时清洗而造成深度污染的膜，很难通过化学清洗恢复系统初始性能，尤其是对受到硅污染的膜。
反渗透（RO）水处理技术运行成本高，最要原因是膜污染导致膜使用寿命缩短，更换膜材料频率高，膜成本昂贵。
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